Aunque se desconoce su antigüedad exacta, fue originariamente repoblada, en las campañas de reconquista emprendidas tanto por Fernando I (1037-1065) como por Alfonso VI (1065-1109), por riojanos procedentes Monterrubio de la Demanda (localidad que actualmente pertenece a Burgos).

El término de Monterrubio perteneció a la Comunidad de Villa y Tierra de Segovia dependiente del Sexmo de San Martín. Monterrubio, además, fue señorío del conde Molina Herrera junto con el despoblado del Tobar o San Martín de Hayuela.